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Bereits in chinesischen Schriftstücken aus dem 11.Jh. v. Chr. wird über die Flusskarpfen-Zucht berichtet. Hier wurde auch zum ersten mal der Farbkarpfen erwähnt. Allerdings ist dies nur ein Indiz für China als Herkunftsland des Farbkarpfen. Andere Quellen nennen die Donauregion, das Schwarzen Meer, das Kaspischen Meer, den Aralsee oder auch Korea als mögliche Ursprungsorte.
Bei den in den chinesischen Schriftstücken erwähnten Farbkarpfen handelt es sich wohl eher um eine zufällige Mutation aus dem Flusskarpfen, nicht um eine gezielte und selektive Züchtung.
Auf die Karpfenzucht wurde allerdings zwischen dem 7 Jh. v. Chr und dem 2. Jh. v. Chr mehrfach in Fischzucht-Büchern eingegangen. Hier sollen mehrfarbige Karpfen erwähnt worden sein. Die selektive und zielgerichtete Züchtung begann erst nach 1800.
Durch die schlechte Ernährungssituation in der japanischen Provinz Niigata, bedingt durch Ihre geografische Lage und Abgeschiedenheit, hielten sich die dort ansässigen Reisbauern Karpfen in Ihren Reis-Feldern, um Ihre Nahrung aufzubessern. Hier fielen die ersten Farbmutationen auf, die sich auf rot, weiß und gelb beschränkten. Durch die schwere Erreichbarkeit der Provinz erlangte der Farbkarpfen vorerst fast keine Bekanntheit und verbreitete sich nicht.
Unter der Leitung des damaligen Bürgermeisters gründete eine Gruppe Interessierter aus der Präfektur Niigata die erste Koi-Organisation und sorgte dafür dass 27 der schönsten Tiere zur Taisho-Ausstellung 1914/1915 nach Tokio kamen. Hier trat der Karpfen das erste mal ins Bewusstsein der Öffentlichkeit. Auf der Ausstellung erlangte der Farbkarpfen nicht nur den zweiten Preis, sondern er weckte auch das Interesse des Kronprinzen Hirohito, dem, nicht ganz uneigennützig, sieben Koi zum Geschenk gemacht wurden.
Die Ausstellung und das Interesse des Kronprinzen kann man als den großen Durchbruch in der Koi-Zucht betrachten. Bedingt durch die große Rezession in den 20/30er Jahren und den Zweiten Weltkrieg wurde die Verbreitung des Farbkarpfen um die Welt deutlich verlangsamt. Am Ende des Zweiten Weltkrieges nahm der Koi-Handel wieder Fahrt auf. In Niigata wuchs sprunghaft die Anzahl der Haushalte, die sich mit gezielter Koi-Zucht beschäftigte. Die Zahl der Züchter wuchs seitdem kontinuierlich an. Mittlerweile ist der Koi der beliebteste Teichfisch weltweit.
